新选组目前下辖4个部门——
拔刀队（负责街头巷战、野外冲锋等近身战）。长官为“副长”。
都察局（负责监察队士）。长官为“局长”。
总务司（负责处理行政工作）。长官为“总长”。
财务室（负责掌管财政及后勤）。长官为“室长”。
凌驾在这4位长官之上的，便是大权独揽的新选组总队长。
除此以外，还有不负责具体事务，只负责给总队长出谋划策的“参谋”一职。
拔刀队下辖10支番队，每支番队各有“队长”1名、“副队长”1名、“队士”若干。
都察局下辖基层职务：“目付”。
总务室下辖基层职务：“支配”。
财务室下辖基层职务：“勘定”。
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新选组的组织架构（截至最新章）
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最高管理层——
【京畿镇抚使、新选组总队长】：橘青登
【副长】：土方岁三
【局长】：近藤勇
【总长】：山南敬助
【室长】：（暂时空缺）
【参谋】：清河八郎
拔刀队的10支番队——
【一番队队长】：冲田总司
【二番队队长】：永仓新八
【三番队队长】：斋藤一
【四番队队长】：芹泽鸭
【五番队队长】：新见锦
【六番队队长】：井上源三郎
【七番队队长】：千叶佐那子
【八番队队长】：藤堂平助
【九番队队长】：木下舞
【十番队队长】：原田左之助
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新选组群英的武器（截至最新章）
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橘青登：毗卢遮那（打刀）、定鬼神（打刀）、曼荼罗（左轮手枪）、伊瑟咤缚日罗（弓）
近藤勇：长曾弥虎彻（其实是源清麿）、浓州关住兼家
土方岁三：和泉守兼定
山南敬助：云州住家贞
冲田总司：加贺清光
永仓新八：播州住手柄山氏繁
斋藤一：摄州住池田鬼神丸国重
井上源三郎：奥州白河住兼常
藤堂平助：上总介兼重
原田左之助：奈落贯（长枪）
木下舞——越前康继（胁差）、九天暗黑大异魔（左轮手枪）
佐那子——池中月（薙刀）